Este subphylum está constituido por pocas especies, unas veinte. Son pequeños invertebrados marinos, de aspecto pisciforme, y con unas dimensiones discretas (entre 5 y 7 cm). Viven en aguas poco profundas y semienterrados. Son nadadores discretos, y llevan un modo de vida filtradora. En los lugares donde son abundantes también pasan desapercibidos.
Su organización se asocia a patrones esperables de cordados. El patrón recuerda al "arquetipo" de vertebrados (pisciformes). Su nombre quiere decir "notocorda hasta la región cefálica". Puede que la especie más conocida sea el anfioxo (literalmente "dos puntas agudas", Brachiostoma lanceolatus).
Externamente, se pueden apreciar tres orificios:
- una boca subterminal, con cirros (tentáculos) con naturaleza sensorial.
- un atrioporo, por donde sale el agua inhalada por la boca.
- un ano.
El tegumento es pigmentado, translúcido, que permite ver estructuras internas por transparencia. Dicho tegumento está formado por epidermis de origen ectodérmico y dermis mesodérmico. El tegumento se interrumpe en los poros.
Poseen unas 180 hendiduras faríngeas, que van a parar a la cavidad atrial. La corriente de agua se da por acción ciliar, y no por una bomba muscular, donde el agua penetra por la boca y se expulsa por el atrioporo. El agua atraviesa las hendiduras, donde hay un intercambio respiratorio. El agua también arrastra materia orgánica, microorganismos, bacterias, etc, que son fijados y filtrados (alimentación).
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